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絕緣子的作用是有方向性的，這是在果蠅實驗中發現的。果蠅（D.melanogaster）的黃色基因座y上插入轉座子gypsy后，會造成有些組織中的y基因失活，但有些組織中y基因仍然有活性，其原因在于轉座子gypsy的一端有一個絕緣子序列。
當gypsy在y基因座的不同位置上插入時，對基因的活性有不同的效應。這是因為y基因的活性受4個增強子調控，當絕緣子正好插在啟動子的上游時，就在翅肩（wing blade）和軀體上皮（body cuticle）組織中阻斷基因的活化（來自上游的增強子），但不阻斷在剛毛（bristles）和跗足（farsal claws）組織中y基因的表達（來自下游的增強子）。
由于有些增強子位于啟動子上游，有些位于下游，所以絕緣子的效應并不取決于絕緣子同啟動子的相對位置。因此，對絕緣子效應的方向性的原因還沒有真正弄清楚。
目前已發現有兩個基因座以反式活化方式影響絕緣子的功能。基因S2J(Hw)編碼的核蛋白識別絕緣子，絕緣子同其結合后才有絕緣作用。當該基因突變后，盡管y基因座中插入了絕緣子，但失去了絕緣作用，y在所有組織中都表達。